La segunda temporada de 'Breaking Bad' se estrenó en AMC en Estados Unidos el 8 de marzo de 2009 y cuenta con un total de 13 episodios. La temporada 2 anotó una media de 1,30 millones de espectadores, ligeramente superior a los datos de la primera pero lejos todavía de convertirse en el fenómeno social que acabó siendo.
En cuanto a las tramas, la segunda temporada introduce a un personaje fundamental para el desarrollo de la serie, Saul Goodman, interpretado por Bob Odenkirk. Se trata de un abogado corrupto de Alburquerque que intentará proteger a Jesse y Walter a la vez que media entre sus clientes. Tras el final de 'Breaking Bad', el personaje de Saul logró su propia spin-off, llamada 'Better Call Saul', con notable éxito de crítica.
Saul introduce a los chicos a otro personaje clave, Gus Fring (Giancarlo Esposito), un poderoso distribuidor de droga que utiliza como tapadera una cadena de restaurantes fast-food, "Los Pollos Hermanos".
Paralelamente, Jesse Pinkman empieza a salir con la casera de su casa, Jane (Krysten Ritter), una joven que tiene problemas con las drogas, lo que provoca que Jesse deje de realizar parte de su trabajo. Tras una discusión con Walter, éste regresa al piso de la pareja para pedirle perdón pero se encuentra a Jane ahogándose en su propio vómito y, en lugar de salvarla, la deja morir.
La muerte de Jane deja destrozado a Jesse, que debe ingresar en rehabilitación. Además, el padre de Jane, que es controlador aéreo, entra en shock y propicia la colisión de dos aviones sobre Alburquerque.
Mientras, Hank y la DEA prosiguen su investigación para intentar encontrar al sospechoso nuevo narco, y dan con un nombre clave, "Heisenberg", pero son incapaces todavía de relacionarlo con Walter. Aunque Walter piensa que su cáncer está empeorando, los médicos le dan buenas noticias.
Gracias a esta temproada 2, Bryan Cranston consiguió un Emmy al mejor actor de drama, mientras que la serie fue nominada a mejor serie dramática.