La tercera temporada de 'Breaking Bad' se estrenó el 21 de marzo de 2010, y cuenta con un total de 13 capítulos. La audiencia media durante su emisión en AMC fue de 1,52 millones de espectadores, algo más que la primera y segunda, pero todavía lejos del fenómeno en el que finalmente se convirtió la serie.
Esta temporada 3 se centra en la relación entre Jesse Pinkman y Walter White con Gus Fring. Gus ofrece a Walter un lucrativo negocio: trabajar para él cocinando metanfetaminas a gran escala en una nave oculta debajo de una lavandería. Aunque reticente, Walter acaba aceptando. Gus le impone a Gale como asistente, pero Walter insiste en que sea Jesse quien le ayuda, que todavía sigue en rehabilitación tras la muerte de Jane. Aunque en un principio Gus acepta, el comportamiento errático de Jesse hace que vuelva a ser reemplazado por Gale. A medida que avanzan en su trabajo, Walter empieza a sospechar que Gale es un topo de Gus para que aprenda sus métodos, y que cuando tenga la suficiente experiencia Gus acabará matándolos. Por eso, Walter encarga a Jesse que mate a Gale.
Por otro lado, Skyler acaba descubriendo el "trabajo" de Walter con el que estaba consiguiendo tanto dinero, y se marcha de casa con sus hijos pidiéndole el divorcio.
Mientras tanto, dos peligrosos primos de Tuco llegan desde México hasta Alburquerque buscando a Heisenberg. Por su parte, amenazan a Hank a trasladarle a El Paso, pero él sigue investigando al misterioso Heisenberg. En sus pesquisas sospecha de Jesse, y acaba atacándolo, aunque sin pruebas concluyentes. Paralelamente, los gemelos de Tuco acaban disparando a Hank, aunque él les asecha dos tiros mortales antes. Finalmente, tanto Hank como Jesse acaban en el hospital. Skyler tiene que lidiar con Hank en el hospital mientras intenta ocultar el verdadero trabajo de Walter.
Gracias a la tercera temporada, Aaron Paul y Bryan Cranston ganaron dos premios Emmy al mejor actor de reparto y mejor actor de drama. Además, la serie volvió a ser nominada a mejor drama, aunque no ganó.