La undécima temporada de 'Expediente X' comienza con Dana Scully tumbada en un hospital tras sufrir convulsiones. En el momento en que se despierta toma conciencia de lo que ha ocurrido en My Struggle II, todo fue una premonición, pero no ha ocurrido. De hecho, en un principio Mulder piensa que todo tiene que ver con elucubraciones o pensamientos de Dana hasta a consecuencia de su enfermedad, incluso llega a dejar de trabajar en el centro sanitario para poder investigar por su cuenta. La trama da un giro en el momento que aparece un agente de policía llamado Jeffrey, que afirma que alguien está buscando a William, el hijo de la anterior.
En este punto de la historia, la importancia que cobra la figura de Fumador es mucha: su experiencia con alienígenas y su preparación durante años para transformar a la humanidad requiere de William, alguien clave para conseguir sus objetivos. De hecho, Mulder encuentra a alguien que sabe cuál es la ubicación de esta persona, pero todo se tuerce cuando acaba en un lugar muy diferente con dos misteriosos conspiradores: Mr. Y y Erika Price. Ambos intentan negociar de alguna manera para que Mulder entregue a su hijo, algo que el agente no consentirá bajo ningún concepto.
Paralelamente, Scully busca salir del hospital en el que está ingresada, pero no lo consigue del todo a consecuencia de su enfermedad: las convulsiones y los ataques vuelven, hasta provocarle un accidente de coche que le hace regresar. Un asesino enviado por los conspiradores antes mencionados entran en la habitación y tratan de ahogar a Scully, pero Mulder interviene y salva la vida de la mujer al cortarle el cuello del asesino. Los flashback comienzan a aparecer en este punto, incluso viajando a pasado en 17 años. ¿Qué bando acabará por conseguir sus objetivos?