En la tercera temporada, que tiene lugar seis meses más tarde, Gordon se ha convertido en un cazador de recompensas cuando lucha por localizar los experimentos de Indian Hill, así como a un resucitado Fish Mooney. Mientras planea hacer que Leslie Thompkins regrese, también se encuentra al hijo de Carmine Falcone, Mario Calvi, además de al hipnotista Jervis Tetch, quien viene en busca de su hermana Alice, cuya sangre venenosa vuelve locos a muchos. Jerome Valeska es resucitado para continuar su previa venganza contra la ciudad.
Como en la anterior tanda de episodios, esta temporada se divide en dos partes: "Ciudad demente" ("Mad City" llega hasta el episodio 14 de esta etapa y desde el 15, comienza "El ascenso de los héroes" ("Heroes Rise").