La tercera temporada de 'Manifest' arranca con un salto temporal de tres meses desde el punto en el que terminó la segunda temporada. Tras el hallazgo de la aleta del vuelo 828 por parte de un barco en Cuba, los supervivientes pronto vivirán las consecuencias de su rescate.
Será Ben uno de los primeros en experimentarlas, ya que en cuanto intente tocar los restos del aparato sentirá en su interior una extraña fuerza que le llevará a preguntarse si realmente murieron en ese accidente y luego, de alguna manera, resucitaron. Él y Saanvi tratarán de hacer todo tipo de pruebas al aparato, pero tal decisión les llevará a darse cuenta de que quizás no deberían haber encontrado el ala del avión ni mucho menos estudiarlo. Y es que, lo sobrenatural, las llamadas y las premoniciones seguirán marcando los actos de los protagonistas.
Por su parte, Michaela y Zeke conocerán, mientras disfrutan de su luna de miel en Costa Rica, a Angelina, una superviviente del vuelo 828 a la que sus padres mantienen encerrada por considerarla estar poseída cuando la joven recibe esas llamadas o premoniciones. Michaela rápido se involucrará con ella, aunque la decisión de salvarla acarreará graves consecuencias para toda la familia.
Mientras, Saanvi tendrá que lidiar con la muerte de The Major, un suceso que marcará en adelante la vida de la científica que, desde ese momento ha dejado de recibir todas esas llamadas a las que ya parecen haberse acostumbrado los supervivientes. La presión será muy fuerte para Saanvi y eso le llevará a un estado límite que necesitará de la intervención de Michaela y Ben. Y es que, la científica se pondrá a trabajar mano a mano con Ben tras el hallazgo del ala del avión, lo que tendrá imprevisibles consecuencias. Ambos, gracias a Vance, conocerán lo que es Eureka y su descubrimiento será un punto de inflexión a la hora de descubrir qué paso con el vuelo 828.