La primera temporada de 'Merlí' se emitió originalmente entre el 14 de septiembre y el 7 de diciembre de 2015, con un total de 13 episodios. Estos primeros capítulos nos presentan al protagonista, Merlí Bergeron (Francesc Orella), carismático y poco ortodoxo profesor de Filosofía en un instituto de secundaria, que vive con su madre, la actriz Carmina Calduch (Ana María Barbany) y su hijo adolescente, Bruno (David Solans), que hasta entonces había sido educado por su madre.
Los dos coinciden en el Instituto Àngel Guimerà, donde Merlí es contratado como nuevo profesor de Filosofía y Bruno llega como alumno, teniendo que convivir también en clase. Merlí causa un gran revuelo en el centro por sus ideas revolucionarias y sus métodos a veces cuestionables que se saltan las normas para inculcar el pensamiento crítico y las enseñanzas éticas a sus alumnos, a quienes estimulará para resolver problemas alejándose de las clases tradicionales en las que simplemente se exponen las teorías de los grandes filósofos de la historia.
Merlí bautiza a sus alumnos como "peripatéticos" y crea un vínculo muy estrecho con ellos, especialmente con Pol Rubio (Carlos Cuevas), que pronto se convertiría en su estudiante favorito y mantendrá una relación muy especial con Bruno. El grupo también incluye entre otros a Tània (Elisabet Casanovas), la comprensiva mejor amiga de Bruno, que también siente algo por Pol; Joan (Albert Baró), un chico estudioso y formal que se enfrenta a una familia muy estricta; el enamoradizo e inocente Gerard (Marcos Franz); el gamberro de buen corazón Marc (Adrian Grösser); Mònica (Júlia Creus), una chica de buena familia que llega nueva al centro; o Iván (Pau Poch), un chico que padece agorafobia y a quien Merlí ayudará a vencer sus miedos.
La primera temporada explora las relaciones entre los estudiantes, así como la de Merlí con Bruno, que resulta ser su alumno más difícil, además de plantearle más de un reto en casa. Bruno guarda en secreto su homosexualidad, aprendiendo poco a poco a aceptarse a sí mismo, antes de salir del armario. En estos episodios comienza su complicada relación amorosa y sexual con Pol, un chico popular y con fama de chulo de la clase que oculta mucho más bajo su fachada, y del que Bruno se enamora profundamente.
Por otro lado, Merlí tendrá que vérselas con cierta resistencia en la sala de profesores por sus métodos, así como se verá envuelto en una relación con otra profesora que aumentará su fama de mujeriego y conquistador, no sin su buena dosis de problemas.