La tercera temporada de 'Merlí' se estrenó el 18 de septiembre de 2017 y se emitió hasta el 15 de enero de 2018, con un total de 14 episodios. La tercera entrega se ambienta en la segunda mitad del segundo curso de Bachillerato, retomando la historia con el regreso a las aulas después de las vacaciones de Navidad.
Los estudiantes de Àngel Guimerà vuelven a clase para la que será su recta final en el instituto, con la selectividad y la universidad a la vuelta de la esquina, y la sensación de que se acaba una etapa muy importante en la vida de todos. La temporada continúa las tramas de la anterior entrega, con Pol y Tània explorando su relación primero en ausencia de Bruno y luego con su regreso, tratando de definirla desde los tres frentes. Por otro lado, Joan y Gerard se han hecho muy amigos, Marc tiene problemas en casa, enfrentándose a la decisión de aceptar o no que su padre vuelva a casa y recuperar así la vida familiar, y la serie también profundiza en la historia de Oksana como madre adolescente.
Al igual que en la temporada anterior, se incorporan nuevos fichajes al claustro de profesores, con la llegada de Gabi (Pau Vinyals), el nuevo y muy joven profesor de Literatura, Silvana (Carlota Olcina), nueva profesora de Historia que es recibida con entusiasmo en la sala de profesores, incluido Merlí, que primero se alegrará de la llegada de una profesora tan creativa como él, pero pronto se sentirá celoso al ver lo mucho que la admiran sus alumnos. Por otro lado, Toni es sustituido por un nuevo director del centro, Eugeni Bosch (Pere Ponce).
Los alumnos del Àngel Guimerà se enfrentarán a los retos finales de la secundaria mientras deciden qué hacer con sus vidas, con Merlí imponiendo últimas lecciones alrededor de pensadores como Hannah Arendt, Kierkegaard, Albert Camus, Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Karl Marx y San Agustín, y Pol planteándose seguir los pasos de su mentor y estudiar Filosofía en la universidad. La serie concluye con un flash-forward que nos permite echar un vistazo a la vida de los protagonistas años después de su último curso, en el que un durísimo acontecimiento los marcará profundamente.