La segunda temporada de 'Perdidos' amplía el universo creado en la anterior tanda de la ficción de J. J. Abrams y Damon Lindelof. Tras hacer estallar la escotilla y lograr abrirla, Jack Shephard (Matthew Fox), Kate Austen (Evangeline Lilly) y John Locke (Terry O'Quinn) deciden explorar su interior y se encuentran con una gran sorpresa: un hombre lleva viviendo varios años dentro del búnker. Allí se encuentran con Desmond Hume (Henry Ian Cusick), cuyo objetivo es pulsar los números 4, 8, 15, 16, 23 y 42 cada 108 minutos para evitar el fin del mundo. Los supervivientes del vuelo 815 de Oceanic Airlines toman el relevo y comienzan a encargarse de pulsar la tecla, mientras Desmond decide huir y abandonar su puesto de trabajo.
Pero, ¿quién está detrás del misterioso búnker? A través de unos vídeos de iniciación que encuentran en su interior, los personajes descubren qué es la Iniciativa Dharma y qué función tiene La Estación Cisne.
Por otro lado, la anterior tanda terminó con Sawyer (Josh Holloway), Jin-Soo Kwon (Daniel Dae Kim), Michael Dawson (Harold Perrineau) y el pequeño Walt Lloyd (Malcolm David Kelley) intentando salir de la isla en una balsa. Pero su medio de transporte acabó destruido por Los Otros y el niño fue secuestrado. Los tres supervivientes acaban siendo llevados por el mar a la orilla de otra parte de la isla donde son capturados por unas misteriosas personas. Finalmente, resultan ser los supervivientes de la parte de la cola del avión.
De este modo, los actores Michelle Rodríguez, Adewale Akinnuoye-Agbaje, Cynthia Watros y Sam Anderson se incorporan al reparto de la temporada 2 de 'Perdidos' para dar vida a Ana Lucía Cortez, Sr. Eko, Libby Smith y Bernard Nadler, respectivamente.
Otro de los momentos clave de la segunda temporada de 'Lost' llega con la aparición de Henry Gale (Michael Emerson), que es capturado por la francesa Danielle Rousseau (Mira Furlan). ¿Es realmente un superviviente de un accidente de globo o es uno de Los Otros?