La sexta y última temporada de 'Teen Wolf' se emitió originalmente en MTV entre el 15 de noviembre de 2016 y el 26 de septiembre de 2017, con un total de 20 episodios divididos en dos partes. Con la última temporada, la serie de Jeff Davis recupera el formato de la tercera con un arco narrativo diferente para cada parte, en lugar de una sola trama central para toda la temporada.
La temporada final cuenta con la incorporación de nuevos personajes interpretados por Ross Butler (Nathan), Pete Ploszek (Garrett) y Sibongile Mlambo como la nueva profesora de Humanidades y consejera del Beacon Hills High. Arden Cho (Kira) abandonó la serie al final de la quinta temporada y no formó parte de la sexta. Los actores Tyler Posey (Scott) y Linden Ashby (shérif Stilinski) se estrenaron como directores en la serie. La temporada final también se caracterizó por la ausencia de Dylan O'Brien como Stiles, debido al rodaje de la saga cinematográfica 'El corredor del Laberinto' y posteriormente a causa del grave accidente sufrido por el actor en el rodaje.
En la última entrega, Scott y su manada se preparan para los últimos meses en el instituto. Las cosas van bien, pero una nube gris se acerca a Beacon Hills y convierte los que se supone que deben ser los mejores momentos de su vida en una etapa oscura cuando pierden a uno de sus miembros. Antes de que llegue el final definitivo, Scott y Lydia se enfrentarán a las fuerzas del mal para impedir la destrucción de todo y a todas las personas que aman.
La primera parte de la temporada gira en torno a los Ghost Riders, jinetes demoníacos que secuestran a personas y los borran de la memoria de los demás, atrapándolos en otra dimensión, conocida como La Cacería Salvaje (The Wild Hunt). Los Ghost Riders se encuentran atrapados en Beacon Hills y Scott y sus amigos se enfrentarán a ellos, mientras tratan de recordar a una de las personas más importantes en su vida, a quienes los jinetes han borrado: Stiles.
Desesperados por capturar a los Ghost Riders, Liam y Hayden (Victoria Moroles) acuden a un viejo enemigo, mientras Scott, Lydia y Malia recurren a varios métodos para hacer volver a Stiles de la dimensión en la que se encuentra. La segunda parte de la temporada cuenta con el regreso de Dylan O'Brien a la serie y de Stiles a la pandilla.
Los 10 últimos episodios transcurren después de un salto en el tiempo y no solo traen de vuelta a Stiles, sino también a Derek (Tyler Hoechlin), a quien vuelven a incorporar temporalmente en la historia para su desenlace. La trama final trata sobre la aparición del Anuk-Ite, una terrorífica entidad sobrenatural con dos rostros que escapó de la Cacería Salvaje después de salvar a Stiles y se dedica a atormentar a los humanos.
Mientras Scott se prepara para dejar Beacon Hills, la pandilla debe enfrentarse a un último enemigo que emerge de las sombras y se convierte en el mayor peligro al que se han enfrentado hasta ahora cuando Gerard Argent traza un plan siniestro para acabar con todos los seres sobrenaturales de la ciudad, incluido Scott.